火焔土器の発見地、史跡「馬高・三十稲場遺跡」にかかわる資料を紹介する博物館です。
　火焔土器をはじめとする重要文化財「馬高遺跡出土品」の展示のほか、縄文のムラとくらし、発掘調査や史跡整備のあゆみなども解説しています。
　また、企画展示コーナーでは、馬高・三十稲場遺跡や縄文文化にかかわるさまざまなテーマで企画展を開催します。

　日本一の大河・信濃川の流域は、8,000年前に気候が変わり、世界有数の雪国となった。この雪国から5,000年前に誕生した「火焔型土器」は大仰な4つの突起があり、縄文土器を代表するものである。火焔型土器の芸術性を発見した岡本太郎は、この土器を見て「なんだ、コレは！」と叫んだという。
　火焔型土器を作った人々のムラは信濃川流域を中心としてあり、その規模と密集度は日本有数である。このムラの跡に佇めば、5,000年前と変わらぬ独特の景観を追体験できる。
　また、山・川・海の幸とその加工・保存の技術、アンギン（編衣）、火焔型土器の技を継承するようなモノづくりなど、信濃川流域には縄文時代に起源をもつ文化が息づいている。
　火焔型土器は日本文化の源流であり、浮世絵、歌舞伎と並ぶ日本文化そのものなのである。